イザナミで指値で仕掛け・手仕舞いなどを指値で発注する際に「指値が成立しなかった場合大引けで成行決済」をする、をs条件として設定することができます。

これは証券会社での注文方式としては「不成」などと呼ばれるものになります。
この発注方式は実は証券会社によっては完全には対応していないところがあります。
例えば私は現在SBI証券を利用しているのですが、SBI証券で不成で注文した場合、前場引けで成行決済を実行してしまいます。これだと検証の結果と違った発注となるため、困ったことになります。
対応証券会社
一番てっとり早い方法としては、この発注方式に対応している証券会社に乗り換えることです。
頻繁にこの発注方式を使用する方は検討してみてもいいかと思います。
証券会社を変えたくない場合
証券会社を変えるほどではないが、この発注方式にしたい場合以下の方法で対応することができます。
前場が終了した後に指値(不成)で発注。
前場が終了する前に不成で発注すると前場引けで成行注文されるため、前場が終了した後場前、あるいは後場中に発注することで解決することができます。
デメリットとしては、限られた時間に(人によっては仕事中に)作業を行う必要があるため、忘れてしまう可能性などがあることです。
私個人としては、最近この発注方法をよく使うので他証券会社の利用を検討しているところです。